Windows 2000的注册表也分为两个部分，但是包括多个文件。其中，用户配置文件保存在根目录“Documents and Settings”下的用户名的目录中，包括Ntuser.dat和Ntuser.ini两个隐藏文件及Ntuser.log日志文件。系统配置文件位于Windows 2000系统目录下的“system32\config”中，包括Default、Software、System、Appevent.evt、Secevent.evt、Sysevent.evt等多个隐藏文件及其相应的log文件和.sav文件。这些注册表文件在Windows 2000运行时无法使用其他工具打开，这一点于Windows 9x下的System.dat及User.dat不同。
在Windows2000中如果要完全备份注册表，可以在“运行”框中输入“regedit”打开注册表编辑器，打开“注册表”→“导出注册表文件”命令，选择导出的范围为全部，然后给出备份的注册表文件的路径及名称即可。恢复注册表的方法同上，只需要单击“注册表”菜单下的“导入注册表文件”，然后选择磁盘上相应的注册表备份文件即可。
如果只需要保存一个根键或者一个主键，可以使用WINNT\system32\regedt32.exe。首先，选择要保存的主键或子键，然后再单击“注册表”菜单下的“保存项”命令，在弹出的“保存项”对话框中输入要保存的注册表文件的文件名，扩展名建议使用“reg”，便于今后的管理。
因为Windows 2000是一个真正的多用户操作系统，因此在保存某些主键或子键时，因为执行操作的用户不同，或者是该主键或子键正在被系统使用，会出现禁止访问的警告，例如“权限不足、无法保存项”等消息提示。这是如果您是Administrator身份则可以使用“安全”菜单下的“权限”命令，对这些主键或子键的用户赋予“完全控制”的权限，然后就可以保存该项了。
